普陀少年科学院以江泽民主席关于“创新”的有关指示为指导思想，树立“面向现代化，面向世界，面向未来”的工作目标，努力提高少年院士的科学精神和创造能力，普及科学知识，树立科学思想，倡导科学方法，全面提高青少年学生的科学素质。

普陀少年科学院聘请德高望重的中科院、工程院两院院士、博士生导师、热心青少年科技教育工作的领导专家担任导师团导师；建立了一个由特级教师和有关专业高级教师组成的学术评审委员会。首批评审通过的少年院士有36人。